La gare Franche Comté TGV se trouve à 13 km du centre ville de Besançon. Un service de navette ferroviaire gratuit pour les porteurs de billets permet toutefois de rejoindre la capitale de la Franche Comté rapidement. 3 lignes de bus sont également en service au départ de la gare (sur réservation préalable) - Une seule à destination de Besançon.