L’histoire de Treffort est citée dans les livres dès l’an 974 (Trefortium) avec la construction de la première maison forte, mais il ne fait aucun doute que le site ait été habité bien avant, notamment à la période gallo-romaine. Accroché aux premiers chaînons du Jura, Treffort est un village perché qui a gardé son plan médiéval.
Seigneurie des comtes de Bourgogne, la cité appartint aussi au seigneur de Coligny, à qui l’on doit la construction du château, et à celui de la Tour du Pin, qui accorda une charte de franchise aux habitants mais qui devra céder Treffort au comte de Savoie en 1289. Ce dernier dota la ville de remparts, percés d’au moins six portes et défendus par plus de trente tours dont on voit encore les vestiges. En 1601, Treffort est rattaché au royaume de France par le traité de Lyon.
La vigne a aussi modelé la cité pendant plus de mille ans, jusqu’à l’arrivée du Phylloxéra et la Première Guerre mondiale. Aujourd’hui, le Comté remplace le ""p’tit vin"" des Cavets (surnom des habitants du Revermont).
Treffort fut une place frontière avec la Franche-Comté qui se trouve juste derrière la montagne. Plusieurs fois assiégée, la cité retrouve la sérénité avec le rattachement de la Comté à la France en 1678.
De cette époque défensive, on peut encore apercevoir les restes du château (aujourd’hui privé) et flâner sur le chemin de ronde qui longe les anciens remparts côté vallon. Construits par les Savoyards, ils étaient percés d’au moins six portes et garnis de plus de trente tours, et leur hauteur était égale à celle de l'église.
La maison forte du Haut Moyen Age se transforme au XIIIe siècle sous l’impulsion des sires de Coligny. Elle devient château défensif, renforcé de huit tours, dont l’une, au sud, servait d’entrée. Il occupait un quadrilatère de 60 m x 43 m, protégé au sud par un fossé, un pont-levis et au nord, par une tranchée creusée dans le roc qui sert aujourd’hui de chemin. Il est ravagé au XVIe siècle et transformé en carrière de pierre (de nombreux réemplois sont visibles un peu partout dans le village). Racheté et en partie reconstruit par Tony Ferret (1851-1923), architecte départemental de l’Ain.
Rue Pelot : toponyme du franco-provencal ""pêl"" (poil) en lien avec l'industrie du travail des peaux ou ""pelo"" (gruau) et en lien avec la présence d'aire de battage des grains. Les tanneurs y trouvaient l'eau du Nacaretan, ruisseau indispensable à leur travail car à l'écart de la ville, pour éviter l’odeur désagréable des peaux. Les cours des maisons (sur la droite de la rue) au pied des anciens remparts, servaient autrefois d'aire de battage.
Fontaine des trois jets : progrès extraordinaire, elle permettait aux habitants de ne plus aller puiser l'eau à l'extérieur du village. Une légende raconte que les bonnes années de vendanges, le vin y coulait à flot.
Fontaine du Carrouge (1850) : à l’emplacement d'une ancienne maison (restes de cheminée, niches murales...). Carrouge, du latin ""quadrivium"", signifie carrefour de quatre chemins.
Rue Ferrachat : du latin ""ferrarius"" (forgeron) ou ""ferratus"" (garni de fer). Sous la rue, présence d'une citerne d'époque romaine. A voir : becs d'éviers dépassant des façades. Maison à pont : cette façade offre des fenêtres à meneaux, un linteau de porte en anse de panier et surtout un escalier appelé ""pont"". Il permettait d'accéder à la maison qui se trouvait surélevée par rapport à la rue en raison de la cave à vin semi enterrée dans le rocher. Les autres ponts ont été démolis au XIXe s. pour faciliter la circulation. Le pilier creux (réemploi) était rempli d'eau et servait au charron pour refroidir brusquement le cerclage métallique des roues de char pour le resserrer.
Rue du fiscal : elle menait directement à l'ancienne châtellenie, lieu où les impôts étaient perçus.
Les halles : Datées du XIVe siècle, elles étaient initialement composées de piliers en bois et de murs en torchis et accueillaient le marché tous les jeudis matins. L'après-midi était réservé aux audiences publiques tenues par le châtelain. Détruites par un incendie, elles furent reconstruites au XIVe siècle.
L'église Notre- Dame de l'Assomption (XIVe siècle) est située sur le haut du village, près du château. Son clocher fut bâti avec l'aide des moines de Nantua, alors que la nef resta à la charge des villageois et fut couverte à la hâte. Ce qui explique le décalage entre la nef et le clocher. La façade fut richement décorée au cours des XVe et XVIe siècles. La Vierge à l'Enfant est abritée par un auvent de type gothique. De part et d'autre du portail d'entrée, trois blasons célèbrent le retour de la Bresse et du Revermont à la Maison de Savoie, par le mariage du Duc Emmanuel-Philibert de Savoie avec la fille de François Ier, Marguerite de France. La croix surmontant le pignon, est percée d'un oculus et son centre présente des branches en forme de fleur de lys.
A l'intérieur les stalles de style Louis XIV sont remarquables. Elles proviennent de la chartreuse de Sélignac située à quelques kilomètres ; ses médaillons sculptés illustrent la vie de Saint-Bruno, fondateur de l'ordre des Chartreux, de la prise de l'habit à sa mort.