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Musée des outils des métiers de la pierre
VONGNES 
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Musée Courbet
ORNANS 
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Maison natale de Louis Pasteur
DOLE 
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La Grande Saline de Salins-les-Bains
SALINS-LES-BAINS 
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Musée "Mémoires d'Autrefois"
AMBRONAY 
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Fromagerie-Musée
TREPOT 
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Musée de L'Aventure Peugeot
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Musée de la Paysannerie et des Vieux Métiers
VALENTIGNEY 
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Isarnodurum - Musée archéologique
IZERNORE 
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Musée des traditions vigneronnes
VONGNES 
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Maison du patrimoine et des forges
AUDINCOURT 
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Ferme-musée du Montagnon
FOURNETS-LUISANS 
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Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
LEVIER 
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Musée de la Lunette
HAUTS DE BIENNE 
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Maison de Pergaud
BELMONT 
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Fonds Régional d'Art Contemporain
BESANCON 
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Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
BESANCON 
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Ecomusée les Vieux Clous
NEUVILLE-SUR-AIN 
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La fraternelle - Maison du Peuple
SAINT-CLAUDE 
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Musée Ledoux
ARC-ET-SENANS 
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Musée du Tacot
CLERON 
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Musée des Beaux-Arts
DOLE 
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Musée Archéologique
CHAMPAGNOLE 
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Musée du Peigne et de la Plasturgie
OYONNAX 