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Musée des outils des métiers de la pierre
VONGNES 
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La Maison de La Vache qui rit
LONS-LE-SAUNIER 
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Musée Vie d'Antan
MONTLEBON 
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Espace Charles Kieffer
SELONCOURT 
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Le Monde des Automates
SAINT-CLAUDE 
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Musée du Peigne et de la Plasturgie
OYONNAX 
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Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
LEVIER 
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Ecomusée les Vieux Clous
NEUVILLE-SUR-AIN 
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La Fabrique du Chocolat
ORNANS 
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Musée de la Lunette
HAUTS DE BIENNE 
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Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
MOURNANS-CHARBONNY 
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Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor
PREMANON 
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Musée de la Vigne et du Vin du Jura
ARBOIS 
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Maison natale de Louis Pasteur
DOLE 
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Calendrier gaulois et dieu de Coligny
COLIGNY 
Musée
Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
PAYS-DE-MONTBENOIT 
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Musée animalier
JOUGNE 
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Musée des maquettes
CLAIRVAUX-LES-LACS 
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Espace musée Sainte-Madeleine
BESANCON 
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La Maison de la Haute Seille
CHATEAU-CHALON 
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Fonds Régional d'Art Contemporain
BESANCON 
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Coligny Car Museum
COLIGNY 
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Musée "Mémoires d'Autrefois"
AMBRONAY 
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Fromagerie-Musée
TREPOT 