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Muséum – Citadelle de Besançon
BESANCON 
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Musée du Ski et de la Tradition Rousselande
LES ROUSSES 
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Le Pavillon des Sciences
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Écomusée Maison Michaud
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Musée archéologique de Briord
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Musée de la vie d'avant
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Musée départemental des Sapeurs-Pompiers
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Musée des outils des métiers de la pierre
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Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
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Centre d'Art d'Audincourt - Donation Patt
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La Maison de la Haute Seille
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Musée des Beaux-Arts
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Hôtel Particulier des Sires de Neufchâtel - Fermé en 2026
BAUME-LES-DAMES 
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Musée de Paléontologie Géologie et des Minéraux
ROUGEMONT 
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Musée de la Tournerie
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La Maison de La Vache qui rit
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La Fabrique du Chocolat
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La Forge du Moulin
MARIGNY 
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Musée municipal d'Art et d'Histoire
PONTARLIER 
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Ferme-Musée Grand'Combe-Châteleu
GRAND'COMBE-CHATELEU 
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Musée des pierres et du lapidaire
MIJOUX 